AEGEE es una asociación Europea que opera a nivel local y no nacional (no existe AEGEE-España o AEGEE-Francia). Cada asociación local se conoce como antennas y tiene un grupo de Junta que son los encargados de la administración y del buen funcionamiento de la misma.
Las actividades de las antenas están coordinadas por un grupo que es el Comité Director (CD, los que viven en la sede en Bruselas) y con la finalidad de contribuir y dar apoyo existen cuatro comisiones (Juridical Comission, Audit Comission, Mediation Comission y Network Comission), grupos de trabajo y equipos de proyectos multinacionales.